2019年2月11日月曜日

Rstudioでマルチバイト文字を含むcsvファイルを読み込む

Version 1.1.456   Windows 10 pro/64 bit OS/Core i5/16 Gb RAM
かなり手間取ったので
(以前はこんなことなかったと思うのだけど)

やりたいこと

Excel365で集計したデータをcsvに吐き出して,Rに読み込ませたい.
(いまどきExcelファイルを直接読み込ませる?)

トラブった概要

MyData <- read.csv(file="data.csv", fileEncoding = "UTF-8", header=TRUE, sep=",")
Warning messages:
1: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  invalid input found on input connection 'data.csv'
2: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  incomplete final line found by readTableHeader on 'data.csv'

ちなみに,excel fileを含めFile -> Import Datasetでもやってみた(この次点ではできない) filename too longみたいなエラーメッセージをいただいた

解決策


readrというpackageのread_csvを使えばよいらしい
  1. install.packages("readr")
    (dependencyをupdateしなくちゃいけないから再起動する,って言われた)
  2. library(readr)
  3. read_csv(file="data.csv")
File -> Import Datasetでも,read_csvを使って読み込むようになった(なぜ?→readrパッケージが必要だから)


2018年7月8日日曜日

Visual Studio 2017環境でPsychoPyを使った実験プログラムの開発

昨日はSpiderを使えるようにしたが,デバッガーは,まあたいしたことはない.といっても,とても便利だが,普段Visual Studio(VS)で開発しているので贅沢になっている.
最近のMSはOpen Sourceとの整合性もとって,Pythonの開発環境も整備されているので,PsychoPyの開発もこれでできないか,と試してみた.

ちなみに,責任逃れのために書くが,Pythonを含め,プログラム開発はど素人なので,プロからみればあほなことをやっていると思う.間違いもあったり,VSの他の開発に悪影響を及ぼしたり,何が起こっても責任はもたないので,もし同じことをするときは自己責任で

Visual Studio Community edition 2017 

  1. 使ったのはこれ
    新しめのでないとPythonに対応してない,かも
    まあ,Eclipseのほうがいい,とか,NetBeans(Pythonサポートしてるかもしらない)がいいとか,あるでしょうけど.VS codeとかも
  2. で,VSでは,InstallerでPython開発する,って設定して,それ用のものをインストールしておく.

Python環境の設定

  1. ツールメニュー → Python → Python環境
  2. 右のほうに(たぶん)Python環境のペインが出るので,そこで+カスタム
  3. 説明やらインタプリタ―やらを入れて適応を押す(説明入れないと押せません.これ,説明でなくて,識別用のタイトルだから)
    あ,もちろん,PsychoPyのPython.exeやらを設定する.いまのバージョンは3.6 32 bitらしい.(Power ShellやコマンドウィンドでPythonを実行して確認すればいい)
  4. ちなみに,defaultだと
    C:\Program Files (x86)\PsychoPy2_PY3

普通にプロジェクトを作る

  1. もちろん,Pythonを選んで作る.
  2. いろいろなoptionを選べる.私はCoderでちょっと作ったあったsourceがあったので,既存でソースから,みたいなのを選んだけど,適当なのを選べばよいと思う
  3. 既存のソースコードをディレクトリに,そのディレクトリ名のプロジェクトファイルが出来る

ソルーションエクスプローラでやること

  1. ソルーションエクスプローラには,さっきPython環境を設定したペインの下のところにタブが出てるので,そこで選べば,見えて,設定できる
    (って普通にVSのソルーションをいじるだけ)
  2. まず,Python環境を,さっき,カスタムで作ったPsychoPy用のPythonにする(あるいは,なっていることを確認)
  3. 次に,ソルーションを右クリックして,出て来たメニューの一番下のoptionを選ぶ.
    そうすると,intelisenceでソースコードを探すディレクトリが指定できるので,PsychoPy pythonのディレクトリのScriptsやLib\site-packagesを追加する
    (ここは,なにやっているか,私は良く分かってない)
あとは,普通にC++やC#開発と同様に,実行,デバッグ,変数上にポインタを置けば,いろいろな情報が見えるし,site-packageの中で何が起こっているかも,step-inしていけば,見ることができる.

ちなみに

  1. 昨日のSpyderインストールのなごりで,PsychoPyのpython環境にPathが通ってる.関係あるかは知らない
  2. VSの開発環境でいい人は,無理にpipをactiveにしなくてもいいってこと,だと思う
  3. まだ,インストールしただけなので,この後,使えない,とか,だめだとか,文句がたらたら出る可能性はある
    (自分が忘れないうちにブログ書いた)



2018年7月7日土曜日

windows 上のpythonにpipをインストール

psychopyを使い始めた.
しかし
  1. Coderにデバッグの環境がないので,それを整備したい
  2. Psychopyでは,パッケージを追加インストールするpipが実行できない.
  3. で,pipを使えるようにしてSpyderをインストールしよう
ということで
十河先生の「心理実験プログラミング」はとても参考になって,この場合も本の最後の方にいろいろと説明がある.
が,pipのインストールで,説明通りのインストール方法だと私の環境ではネットワークの問題(らしい)でうまくいかなかった.そこで,対応方法を忘備録として書いておく
(注1)Pythonは不慣れで,間違い,無駄だらけの可能性あり.ついでにPythonに関してもど素人.
というわけで,せっかく心理物理の実験がうまくいってたのに,これをみて,何かしてPsychopyが動かない,ってなっても責任はもてません

環境変数

windowsの環境変数を設定する.Psychopyのディレクトリ,その下のScripts, 一部DDLsにもと書いていた人がいたので,これも追加

ちなみに
PsychopyはPython 3系
インストールディレクトリーはインストーラーの指定通り
C:\Program Files (x86)\PsychoPy2_PY3


setuptoolsというのをダウンロードして解凍.pyやフォールダーをScriptsにコピー

whlでインストール

pip-10.0.1-py2.py3-none-any.whlをダウンロードし,私はPschopyのディレクトリに置いた次のコマンドをPS(パワーシェル)の管理者モードで実行
PS C:\Program Files (x86)\PsychoPy2_PY3> python.exe -m pip install --no-index pip-10.0.1-py2.py3-none-any.whl

うまくいけば
PS C:\Program Files (x86)\PsychoPy2_PY3> python  -m pip -V
pip 10.0.1 from C:\Program Files (x86)\PsychoPy2_PY3\lib\site-packages\pip (python 3.6)

のように確認できる

Spyderのインストール

とりあえず,PSで
python -m pip install spyder

そのままPSでspyder3とすれば,spyderが使える.

でspyderがインストールできたっぽい.(ところで,忘れないように書いてみた)

おまけ
こんなことをすると,いまインストールされているパッケージが分かって,気持ちがいい
anacondaにこれを入れまくればpsychopyが動かせる?
python -m pip freeze




2017年4月30日日曜日

ISOのZernike多項式の順番

眼の収差解析するとき,すぐわすれてしまうので
(放置状態だったので,絵だけ貼っておこう)
もはやISOで会っているのさへ不明



正常眼で,左右眼の非対称から,どちらかの眼にそろえるのだが,ISOは右眼だったか?


2015年5月17日日曜日

久しぶりの出張(Denver)

Denver -> Ithaca -> Chicago -> Berkeley

ほとんど写真の羅列です。
Denverは学会でした。

宿泊したHoliday Inn Express Denver Downtownからの眺め

Denverはモダンです。商店街(Mall)の道はタダで乗れるバスが走っていて便利です。
学会にはいいところかも。




Denverの特徴

Denverはロッキー山脈の東側のふもとで、標高が1600 mもあります。
マラソンの高地トレーニングで有名ですね。
高地では酔い安い、と言われましたが、それは感じませんでした。空気が薄いとも、1600 m程度では日常生活では感じないようです。
高地と言っても全体が高くて、Denverでは坂があるとかそういうのではありません。空港周辺を出発時に機内から撮った写真です。




まったいらでしょう。いくらでも土地があると言う感じです。
Denverの空港は、土地が安く米国の真ん中にあるので、ハブとしてもうけようということから新空港が鳴り物入りで近代的な施設が作られました。
実際には、どうなのでしょう。確か当初はJALが直行便をとばしたりしていたような気がします。

飲み食い系


水がおいしいいこと、Coorsがあること(どちら先かな)でビールと言う印象があります。
というわけで、夕飯時は自家製ビールにある店に

こちら側に陣取ったブース。ウェイトレスにビールは自家製?ってきいたら、指さしました。
@Rock Bottom Restaurant & Brewery

昼に行ったThe Kitchenはおすすめ

すてきなItalian

Coors Field

Colorado Rockiesの本拠地です。
高地のためボールが飛びやすく、それをみこして大リーグで一番広い球場となっていますが、それでも補正しきれずボールを湿らせて飛びにくくするそうです。
DenverのホテルやMallから歩いて10分で行けます。
地味ですけど Justin Morneau   という大リーグでも屈指の好打者がいます。




撮り鉄系

市電が走っていたので一応



仕事はちゃんとしました


一日ポスターに1000件ぐらいある大きな学会
入力もしましたし、ポスター発表もしました



久しぶりの海外出張(機内映画編)

1年ぶりに米国に出張。
ブログはリアルタイムでは書きませんでしたので、帰国後になんとなくまとめ。

機内で映画を数本みたので、その記録を
ドラマかコメディーがすきなんですが、今回はドラマ系が多かった

Still Alice
日本語での紹介web

コロンビア大学の女性教授が若年性アルツハイマーになってしまう、という話です。
評価の高い映画なようです。私の近親者にアルツハイマーがいますが、だいぶ感じが違いました。主人公は前のことも忘れ、行動的なことがかなりできなくなっていますが、わたしのところでは新しいことが記憶できず、感情が荒れることが多いです。もっともこちらは若年性で無いし、典型的でない場合が多いのはあるでしょうね。

McFarland
IMDb(英語)
主役Kevin Costnerのスポ根もの ど根性ものではないが
クロスカントリーという地味な競技で、団体戦。
地元が、カリフォルニアのあまり裕福でないメキシコ系の地域で、、、、、、
なんとなく、どんな映画か分るでしょう?
楽しめました。

Black or White
IMDb(英語)
これまたKevin Costner主演で、娘が黒人のダメ男と結婚し子供をもうけたが、娘は他界、父親は使えないので娘祖父方で育てていたが、そのばあさんが事故で死んでしまったところから映画が始まる。
さいごのところの、黒人のダメ男の変わり方、きっかけを用意してあるのだが、ちょっと無理が、、、
黒人と白人の話なので微妙で難しかったと思うが、まあまあいいのではないでしょうか。

MaFarlandもそうですが、社会問題と関係しているといえばいえるでしょう。出演映画はCostnerの生き方とも関係しているのでしょうね。

The Imitation Game
どこかの日本語解説
今回の旅中にみた映画では、これが一番面白かった
TuringマシンやTuringテストで知られるAlan Turingがエニグマの解読に貢献したことを、面白おかしく映画化している。
どのくらいTuring本人っぽいのかは全くわからない。
参考に読んだWebで知ったが(映画中にもそういうシーンがある)、長距離が得意だったそうだ(記録はかなりすごい)。天才の上に(天才だから?)、あたまのねばりもすごいんでしょうね。
UKのような、もっともまともそうな国が、なにも悪いことをしていない、というより国に貢献した人にたいしトンデモナイひどい扱いをした、ということにはショックを禁じえない。

Theory of Everything
英語wiki
主人公がサイエンティストなのはImitation Gameとおなじ。
こちらは、Stephen Hawking
結構活発な青年が神経の病気でどんどん動けなくなっていく、そしてきれいな奥さんががんばった。みたいな話で、主役がうまいなあ、というのが素人の感想。
Hawkingぐらいになると、あまりに頭がよすぎて(たぶん)、本当にいいのか私ごときの頭ではさっぱりわからないが、このような状況で成果をあげた、ということはすごい。
最近もAIについて警鐘を鳴らしているし、すごいですね。

なにかの機会にHawkingがLisa Randallを隣の席に招待した、ということがRandallがそれだけ物理ですごいというコンテキストで紹介されていたが、この映画をみるとHawkingは単に美人が隣に座ってほしかったのではないかと、、、、、